Dana-Farber suit l’impact du programme d’aide à la décision en oncologie de précision pour les patients atteints d’un cancer gastro-intestinal

NEW YORK – Les cliniciens du Dana-Farber Cancer Institute utilisent un programme d’aide à la décision développé en interne pour identifier les thérapies guidées par des biomarqueurs ou les options d’essais cliniques pour la majorité des patients atteints d’un cancer gastro-intestinal qui subissent des tests moléculaires.

Bien qu’une étude récente ait montré qu’une minorité de patients se sont finalement retrouvés sous les traitements recommandés pour diverses raisons, telles que l’impossibilité de participer aux essais, les chercheurs impliqués dans le programme, appelé Assistance au traitement gastro-intestinal concernant l’évaluation génomique des tumeurs, ou GI TARGET , ont constaté qu’il améliorait encore l’accès des patients aux thérapies et fournissait un soutien indispensable aux oncologues qui luttaient pour suivre les progrès de l’oncologie de précision.

Les oncologues de Dana-Farber peuvent profiler moléculairement les tumeurs des patients à l’aide de sa plateforme de séquençage interne de nouvelle génération OncoPanel, mais les rapports de ces tests ont tendance à être longs, compliqués et difficiles à déchiffrer. Grâce au programme GI TARGET, qui a été développé par des experts du Dana-Farber Gastrointestinal Cancer Center, du Brigham & Women’s Hospital Center for Advanced Molecular Diagnostics et du Dana-Farber Knowledge Systems Group, les oncologues peuvent demander à des experts d’examiner les résultats du profilage tumoral des patients. et recevoir un soutien pour identifier les options thérapeutiques ou les essais cliniques ciblant les biomarqueurs.

Dans Oncologie de précision JCO ce mois-ci, les chercheurs impliqués dans ce programme ont rendu compte de l’impact qu’il a eu à ce jour sur la base d’un examen de 500 cas de patients. Les résultats publiés comprenaient des données de patients vus sur une période de six mois en 2019 par 19 oncologues médicaux du Gastrointestinal Cancer Center.

Marios Giannakis, oncologue médical et chercheur clinique au Dana-Farber Gastrointestinal Cancer Center qui a travaillé sur GI TARGET, a déclaré que le projet réunissait deux programmes de longue date à Dana-Farber pour mieux soutenir les oncologues : le Initiative PROFILdans lequel chaque patient atteint d’un cancer avancé subit un profilage moléculaire avec OncoPanel et MatchMiner, la plateforme interne d’appariement des essais cliniques de l’institut. Il a ensuite ajouté un examen automatique des résultats d’OncoPanel soit par un conseil complet sur les tumeurs moléculaires, soit par une ressource appelée Molecular On-Call, où un oncologue expert en génomique et un scientifique en génomique clinique examinent les rapports de test.

Le programme de Dana-Farber intervient alors que l’utilisation du profilage génomique augmente, que de plus en plus de médicaments oncologiques de précision arrivent sur le marché et que de nouveaux biomarqueurs prédictifs sont adoptés. Les principales institutions anticancéreuses comme Dana-Farber qui fournissent un profilage tumoral aux patients reconnaissent que les médecins ont besoin d’aide suivre l’évolution rapide du paysage du traitement de l’oncologie de précision. Certains investissent pour construire des MTB internes et des systèmes d’aide à la décision, tandis que d’autres externalisent l’expertise.

“Nous réalisons que les cliniciens eux-mêmes n’ont peut-être pas le temps ni l’expertise nécessaires pour gérer et interpréter les résultats génomiques en clinique”, a déclaré Giannakis. “Le besoin est lié à la fois à une quantité croissante d’informations génomiques que les oncologues sont appelés à comprendre et à des pratiques cliniques chargées où vous n’avez peut-être pas le temps de parcourir les résultats, de les interpréter, de parler à vos collègues et de relayer les recommandations. aux patients en temps réel.”

Pour fournir plus de soutien, Giannakis et ses collègues ont développé GI TARGET pour fournir automatiquement des avis d’experts sur les résultats d’OncoPanel et recommander des interventions.

OncoPanel interroge 447 gènes associés au cancer permettant l’identification de variants mononucléotidiques, d’insertions, de délétions et de variants de nombre de copies ainsi que de variants de réarrangement structurel de certains gènes. Le panel est intégré aux soins de routine des patients atteints de certains types de tumeurs à Dana-Farber depuis 2014. La majorité des cas examinés via GI TARGET étaient des cancers colorectaux et pancréatiques, suivis des tumeurs œsogastriques, biliaires et autres tumeurs gastro-intestinales.

La plupart des rapports GI TARGET (90 %) comprenaient au moins une recommandation pour l’oncologue traitant, 81 % des patients étant recommandés pour un traitement avec une ou plusieurs thérapies à guidage moléculaire. Parmi ceux qui avaient une recommandation de traitement, 80 % ont fini par s’inscrire à un essai clinique de médecine de précision. En moyenne, chaque rapport contenait deux recommandations d’essais cliniques. Grâce au programme GI TARGET, 6 % des patients ont reçu des recommandations pour des traitements sur étiquette avec un agent moléculairement ciblé et 25 % ont été suggérés un traitement hors AMM avec un agent moléculairement ciblé.

Le délai d’exécution des recommandations GI TARGET variait en fonction du flux de travail suivi par le rapport. Les cas les plus simples, tels que ceux présentant des profils moléculaires typiques ou peu de modifications exploitables, ont été examinés via Molecular On-Call. Les cas les plus complexes, tels que les tumeurs présentant de nombreuses altérations exploitables ou celles nécessitant la participation d’experts d’autres départements tels que des pathologistes ou des chirurgiens, ont été envoyés pour discussion au MTB, qui se réunit chaque semaine.

Pour les 33 % des cas examinés par le MTB, les recommandations de traitement étaient généralement disponibles en quatre jours, et pour les 67 % restants des cas examinés via Molecular On-Call, le délai d’exécution des recommandations était de neuf jours. Les programmes MTB et Molecular On-Call ont examiné en moyenne 20 cas par semaine.

Pour accélérer davantage la capacité des patients à suivre les traitements recommandés, les chercheurs ont automatisé une partie du processus, comme l’utilisation de MatchMiner pour recommander des essais cliniques, et ils ont embauché un scientifique en génomique clinique dédié pour aider au programme.

“Ce programme était un tour de force pour évaluer et interpréter les résultats génomiques sur tous les patients au fur et à mesure qu’ils étaient générés », a déclaré Giannakis. « Cela a nécessité certaines de ces étapes comme l’automatisation des algorithmes et des bases de données et la mise en place de ces flux de travail spécifiques afin que nous puissions traiter de très nombreux cas par semaine. “

Un domaine qui, selon les chercheurs, a montré des résultats “modestes” était le taux de cliniciens qui ont agi conformément aux recommandations. Au cours de la période d’étude de six mois, 16 % des patients pour lesquels des données de suivi étaient disponibles ont fait l’objet d’une action clinique basée sur les recommandations de GI TARGET.

Giannakis a noté qu’il existe de nombreuses raisons potentielles pour lesquelles un clinicien ne prendrait pas la recommandation, notant que l’étude n’a pas été conçue pour mesurer l’action de suivi et que le court laps de temps de l’étude n’a peut-être pas capturé toutes les décisions de suivi.

Un autre facteur expliquant la faible adoption des recommandations peut être que des suggestions de traitement basées sur le profilage tumoral ont été générées pour les patients, qu’ils cherchaient activement ou non à suivre un nouveau traitement. “Des rapports ont été générés sur tous les patients avec des résultats de profilage tumoral, qu’ils aient besoin d’un essai ou que le fournisseur l’ait demandé”, a déclaré Giannakis. “Un patient pourrait avoir un rapport généré, mais il pourrait parfaitement bien suivre une chimiothérapie de première intention, par exemple pour le cancer du côlon.”

Même si les cliniciens n’ont pas utilisé les rapports immédiatement, ils peuvent être utiles ultérieurement si le cancer d’un patient réapparaît après le traitement initial. Le rapport pourrait toujours être utilisé pour guider la prochaine ligne de traitement en fournissant un aperçu des altérations de la tumeur du patient et en faisant correspondre les essais cliniques, a ajouté Giannakis.

L’inscription aux essais cliniques est également un obstacle pour les patients, ce qui peut avoir affecté le taux d’action clinique. Le rapport GI TARGET peut recommander une étude mais ne tient pas compte de la disponibilité des créneaux qui permettraient l’inscription des patients. Ensuite, il y a la logistique de l’inscription à une étude, comme l’emplacement du site d’essai, la fréquence à laquelle le patient doit se présenter pour des tests et les coûts associés qui peuvent encore rendre difficile la participation des patients à la recherche, a déclaré Giannakis.

“Par rapport historiquement à l’inscription aux essais cliniques au Centre de cancérologie gastro-intestinale, nous avons constaté un doublement du taux d’inscription depuis le déploiement de GI TARGET”, a-t-il noté.

Le programme s’est poursuivi au-delà de cette étude et a maintenant examiné plus de 2 700 cas. À l’avenir, l’équipe de Giannakis espère continuer à améliorer et à étendre GI TARGET, par exemple en ajoutant des données sur les biomarqueurs immunitaires ou à partir d’un dépistage fonctionnel avec des organoïdes ou des modèles de souris pour faire des recommandations plus personnalisées. Ils explorent également une autre étude, dans laquelle ils espèrent évaluer si un programme comme GI TARGET améliore réellement les résultats pour les patients.

“Le défi qui nous incombe est de démontrer davantage les avantages de ces programmes afin que nous puissions convaincre davantage les pratiques d’oncologie universitaires et communautaires de les poursuivre universellement”, a déclaré Giannakis.

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