Identification des gènes candidats pour la force du pied chez la race de cheval “Iron Hoof”

Identification des gènes candidats pour la force du pied chez la race de cheval “Iron Hoof”
Un cheval mongol représenté dans une selle de travail. © Latebird, CC BY-SA 3.0via Wikimedia Commons

Les chercheurs ont identifié plusieurs bons gènes candidats pour la santé des sabots chez une race de cheval mongole nommée en reconnaissance de ses pieds durs.

Les candidats pour le cheval Baicha Iron Hoof comprennent les gènes CSPG4, PEAK1, EXPH5, ​​WWP2 et HAS3.

Haige Han, Imtiaz Randhawa et leurs collègues chercheurs ont déclaré que des milliers d’années de sélection naturelle et artificielle depuis la domestication du cheval ont façonné les génomes distinctifs des populations de chevaux mongols chinois.

Par conséquent, les signatures génomiques de la sélection peuvent donner un aperçu de l’histoire de la sélection humaine de traits spécifiques et des adaptations évolutives à divers environnements.

Dans leur étude, les chercheurs ont cherché à identifier les régions génomiques sélectionnées pour les caractéristiques spécifiques à la population de la démarche, de la couleur du pelage noir et de la qualité des sabots. D’autres races mondiales ont été utilisées pour identifier des signatures de sélection régionales spécifiques.

Chez les chevaux Wushen, les chercheurs ont identifié la région du chromosome ECA23 hébergeant DMRT3, le gène majeur de la marche.

La capacité de rythme a été sélectionnée chez les chevaux Wushen par les bergers locaux car le rythme améliore le confort de conduite, en particulier sur de longues distances. De plus, les chevaux Wushen sont élevés pour courir avec une démarche rythmée puisqu’il s’agit d’un type de course populaire en Mongolie intérieure.

En ce qui concerne la couleur foncée du pelage du cheval Abaga Black, l’équipe d’étude a déclaré que la région génomique contenant le gène ASIP, présumé responsable de la couleur du pelage, sur le chromosome ECA22 n’était pas immédiatement évidente en tant que signature de sélection pour la couleur du pelage dans la race, lorsque par rapport aux autres chevaux mongols.

Cependant, en assouplissant le seuil pour inclure le top 1% des polymorphismes mononucléotidiques (SNP), il y avait des preuves de variation à l’emplacement ECA22 contenant ASIP.

“Le signal plus faible que prévu peut s’expliquer par l’historique de reproduction de cette population. Bien qu’il soit rapporté que les bergers locaux ont favorisé les chevaux noirs depuis le 13ème siècle et qu’il est courant de voir des chevaux noirs dans cette zone géographique, l’Abaga Black n’est officiellement reconnu comme une race distincte que depuis 2006.

“Par conséquent, l’historique de sélection peut ne pas être assez long pour être capturé par les critères de seuil stricts initiaux.”

Il est également possible, ont-ils dit, qu’il existe un nouveau gène dans cette population contribuant à la couleur du pelage observée dans cette population qui peut être différente de la couleur du pelage noir commune observée chez les races de chevaux modernes.

Le cheval Baicha Iron Hoof est un cheval mongol chinois de type montagnard, communément appelé simplement “Iron Hoof” pour ses sabots solides et résistants.

Pour tester l’hypothèse selon laquelle le trait “sabot de fer” est sous-tendu par des gènes sur lesquels agit la sélection positive, les chercheurs ont recherché des gènes candidats pour la santé des sabots de cette race par rapport à d’autres chevaux mongols chinois.

Au total, 193 gènes ont été identifiés. Les gènes candidats les mieux classés se trouvaient sur le chromosome ECA1 et contenaient CSPG4, PEAK1, SEMA7A, CSK et PSTPIP1 (également connu sous le nom de CD2BP1).

La région de deuxième rang, sur le chromosome ECA7, flanquait le gène EXPH5. De plus, six gènes candidats ont été identifiés sur ECA3 : WWP2, PSMD7, NQO1, NOB1, NFAT5 et HAS3. De plus, ils ont identifié plusieurs gènes associés à la polyarthrite rhumatoïde.

“Le Baicha Iron Hoof est une race en danger critique d’extinction. L’identification de variantes génétiques sous sélection dans cette population qui les distinguent des autres populations locales souligne la nécessité d’efforts pour protéger et conserver le bétail ancien, patrimonial et local avec des histoires microévolutives distinctes », ont déclaré les auteurs.

Dans d’autres travaux, une analyse des sous-groupes régionaux (asiatiques par rapport à européens) a identifié un emplacement unique sur le chromosome ECA3 contenant le gène ZFPM1 qui est un marqueur de sélection pour l’événement majeur de domestication conduisant au clade de chevaux DOM2 répandu dans le monde.

“Le signal de sélection détecté dans les populations asiatiques souligne l’importance de l’inclusion des races modernes dans l’interprétation des données paléogénomiques pour l’inférence de l’histoire des populations.

“La coïncidence d’un pic de sélection parmi les races de chevaux modernes à un locus critique sur le plan de l’évolution soulève la question de savoir si les chevaux DOM2 ont remplacé tous les chevaux domestiqués localement, ou si d’autres lignées archaïques survivent encore, leurs ancêtres n’étant pas encore identifiés.”

L’équipe d’étude comprenait Haige Han et Manglai Dugarjaviin, de l’Université agricole de Mongolie intérieure ; Imtiaz Randhawa, avec l’Université du Queensland ; David MacHugh, Lisa Katz et Emmeline Hill, avec University College Dublin ; et Beatrice A. McGivney, avec Plusvital Ltd, également à Dublin.

Han, H., Randhawa, IAS, MacHugh, DE et al. Les signatures de sélection pour l’adaptation locale et régionale des races de chevaux mongols chinois révèlent des gènes candidats pour la santé des sabots. BMC Genomics 24, 35 (2023). https://doi.org/10.1186/s12864-023-09116-8

L’étude, publiée sous un Licence Creative Commonspeut être lu ici.

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